Villigen liegt im Kanton Aargau, etwa fünf Kilometer nördlich des Bezirkshauptortes Brugg sowie 20 Kilometer nordöstlich des Hauptortes Aarau. Aufgrund der leichten Hanglage bieten viele der Wohnungen einen tollen Blick auf die umliegenden Hügel wie den Geissberg und den Bruggerberg.